他二十五岁，本来是个双性人，当姑娘时的名字叫珍妮，未婚而有孕，生下的女婴被谎称为其叔的人偷走了，自己却动了手术变成男性。“我”答应帮助“未婚妈妈”找到玩弄过并抛弃了她(他)的男子。于是他们来到一九六四年的时空，“我”从医院的育婴室里偷走了婴儿，将她送到一九四五年的一家孤儿院。然后，“我”又到一九六三年的时空里找到了那个玩弄珍妮的男子，将他送到一九八五年的洛基地下城，要那儿的军士招募他参加工作。最后，“我”回到一九九三年的总部休息，说明“我知道我是从什么地方来的了”——原来，“我”就是珍妮!不仅如此，“我”也是一九四五年那家孤儿院里的婴儿、一九六三年那个未婚而受孕的姑娘、一九七零年那位写忏悔故事的男子。更有甚者，“我”同时是窃走婴儿的“叔叔”，是玩弄了珍妮的男子，是被押送到一九八五年的洛基的那个家伙。因此，在角色的意义上，我既是母亲、父亲，又是儿子、女儿。这些矛盾纠葛，都是在“我”所扮演的不同角色之间发生的。荒谬固然荒谬，但是，“我知道我是从什么地方来的了——可是你们是从什么地方来的呢，你们这些回魂尸?”加了着重点的引文，是作者借主人公之口的发问，答案自然是要由读者来作出的。

神秘的黑色石板在史前时代启蒙了地球人类的文明。三百万年后，人类在月球上发现了同样的石板，而石板在出土瞬间立即朝土星方向发射出电磁信号。美国派太空船“发现号”远征土星，追查真相。太空船的超级电脑“哈尔”发疯，害死三名冬眠中的太空人，并把弗兰克·普尔变成太空漂流物，只有戴维·鲍曼逃过一劫。幸存的鲍曼独自抵达土星，又发现另一块更大的黑石板……

本世纪初，“美国智库”向总统提交了一份绝密文件《海斯曼报告》，列举了人类灭绝的五种可能性。除了核战、超级病毒，其中有一种，是出现智慧凌驾于人类的新物种。如今预言成真，足以毁灭人类的新生物果然在非洲出现。一切生物中，只有人类会大量屠杀同类。当智慧远远凌驾于人类的“新人类”出现时，他首先要做的，就是灭绝人类。在日本，在美国，在非洲，各方面势力开启了一场智力与武力的角逐：无辜的非洲族群该何去何从，科研学生又该如何拯救只剩28天寿命的孩童，这支小分队能够逃脱政府洒下的天罗地网，顺利完成任务吗？

该书主要讲述了文革期间一次偶然的星际通讯引发的三体世界对地球的入侵以及之后人类文明与三体文明三百多年的恩怨情仇。